一、查询的准确性无法得到绝对的保障。任何国家和机构都不保证查询的绝对准确性，造成这种原因的主要是供查询的档案不够完备、不够准确以及检索人员对官方关于近似的审查尺度把握不够，将应该视为近似的商标视为不近似而不予报告，不应视为近似的却判断为近似。
二、从查询的范围上看，某些国家只能查文字及数字商标，不能查询图形商标。相对说来，文字商标及数字的查询比较简单，而图形商标的查询工作量大且难度较高，使得部分国家不接受关于图形商标的查询。
三、新提交的申请要经过一段时间才能供人查询。新提交的申请通常要等数星期才能获得官方的数据。而申请日期、申请号、商标图样、商品、申请人名称地址等信息要在官方收据发出后才能被收入电脑数据库或记录在商标文献库内。
四、要求优先权的申请可能对查询之后提交的申请构成障碍。有的商标申请可以通过要求优先权获得一个较早的申请时期，从而可能对实际提交日期在前的商标申请构成障碍，由于这种情况的不可预知性，商标查询也就无能为力。
五、较难查明跨类近似的商标。对于这类商标，仅在一类商品上进行检索是不够的，只有依赖具有丰富商品分类知识的专业人员的建议，在对个类别上进行检索才能尽量避免漏掉可能构成障碍的商标注册或申请。
六、可能构成障碍的驰名商标不在查询的范围内。对驰名商标的保护往往不限于其注册的类别和商品，这也是在进行商标查询之前必须了解的。
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